Genel sekreterin görevleri şunlardır:
a) Birliği belirlenen hedef, politika ve stratejilere, ilgili düzenlemelere ve performans programına göre yönetmek.
b) Birliğin faaliyet ve işlemlerini denetlemek, yönetim sistemlerini değerlendirmek, işleyiş ve yönetim süreçlerinin etkililiğini gözetmek, yönetimin, kalitenin ve verimliliğin geliştirilmesini sağlamak.
c) Birlik bünyesindeki sağlık kurumlarında etkili ve verimli hizmet sunumunu sağlamak, bu amaçla kaynak ve personel ihtiyaçlarını tespit etmek, istihdam planlaması yapmak ve personel hareketlerini gerçekleştirmek.
ç) Hastaneler arası koordinasyon ve diğer kurum ve kuruluşlarla işbirliğini sağlamak.
d) Bütçe ve yatırım tekliflerini hazırlayarak Kuruma sunmak.
e) Birlik ile ilgili istatistikî bilgilerin takibini sağlamak, birliğin malî tablolarını birleştirmek ve alınabilecek önlemler hakkında Kuruma önerilerde bulunmak.
f) Hasta hakları, hasta ve çalışan memnuniyeti ve hastaların sosyal ihtiyaçlarına yönelik hizmetlerin geliştirilmesini, tıp ve kamu görevlileri etik ilkelerinin uygulanmasını sağlamak.
g) İlgili mevzuat çerçevesinde birlik gelirlerinin tahakkuk ettirilmesini, gelir ve alacakların takip ve tahsili ile harcama işlemleri ve muhasebe hizmetlerinin yürütülmesini sağlamak.
ğ) Birlik ile ilgili diğer görevleri yürütmek.
