Bu durum, doktorların uygulamaya geçişini yavaşlattı. İlk iki aylık dönemde reçetelerin büyük bölümü kâğıt olarak karşılandı. SGK'nn verilerine göre e-reçeteye geçilen 1 Temmuz 2012 ile 31 Ağustos 2012 tarihleri arasında eczanelerden 50 milyon 519 bin reçete karşılandı. Bunlardan 19 milyon 230 bini e-reçetelerden, 31 milyon 289 bini ise kâğıt reçeteden oluştu. Böylece toplam reçetelerin sadece yüzde 38'i e-reçete olarak karşılandı.
E-reçete uygulaması, uzun bir pilot çalma sonrasında 1 Temmuz itibarıyla tüm Türkiye'de uygulamaya konmuştu. Uygulamaya geçilmesiyle birlikte reçetelerin doktorlar tarafından elektronik ortamda yazılması dönemi başladı. Söz konusu sisteme göre doktorun yazdığı reçete, TC kimlik numarası üzerinden eczanelerin ekranında anında görünüyor. Elektronik ortamda yazlan reçete için vatandaşa takip numarası veriliyor. Kişi bu numarayla ilacın eczaneden talep ediyor.
E-reçete uygulamasının yürüyebilmesi için her doktorun bir şifresinin olması gerekiyor. Doktorlar bu şifre ile girdikleri sistemden reçeteleri yazabiliyor. Ancak uygulamayla ilgili bugüne kadar 79 bin doktor şifre aldı. Yaklaşık 40 bin doktor ise henüz şifre almadı. Ayrıca şifre alan hekimlerden yalnızca 22 bin 588'i reçeteleri e-reçete olarak yazdı. Diğerleri kâğıt reçeteye devam etti. Bu durum, elektronik reçete oranının düşük kalmasındaki en büyük etken oldu. Uygulamayla geçilmesiyle birlikte vatandaşların mağdur olmaması açısından bir süre daha kağıt reçete yazılmasına izin verilmişti. 1 Ocak 2013 itibarıyla ise tamamen e-reçeteye geçilmesi planlanıyor. Bu tarihten itibaren elle yazlan reçete tamamen ortadan kalkacak. Böylece hastaların ve zaman zaman eczacıların da okumakta zorlandığı doktor yazısı tarihe karışacak.
E-reçete uygulamasıyla birlikte hastanın eczanede bekleme süresi de kısaldı. Eczacının her bir hasta için tek tek girdiği 26 kalem bilginin 19'u ekranda otomatik olarak gözüküyor. Böylece hasta, ilaca daha hızlı ulaşabiliyor. Sistemin tam olarak devreye girmesiyle birlikte elektronik ortamdan yapılacak takip nedeniyle suistimal ve usulsüzlükler de büyük ölçüde ortadan kalkacak. E-reçete uygulamasıyla hastaların diğer bilgileri yanında kullandığı ilaçlar da sistematik olarak kayıt altına alınmış oluyor. Hekimin bilgisi ve kontrolü dışında o hekime ait reçete üretilmesinin önüne geçiliyor.
