Bu uygulama ile ilaç fiyatlarında indirime gidilirken, iskonto öncesi fiyat ile yeni fiyat arasında oluşan fark, eczaneleri zora soktu. İlaç firmaları da arada oluşan fiyat farkını karşılamayacağını bildiren bir yazı gönderdi. Bazı eczaneler yasal olmamasına rağmen aradaki farkı vatandaştan almaya kalkınca, Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanı Faruk Çelik devreye girdi. Eczaneler iskonto nedeniyle 120 milyon lira zarara uğradıklarını ve bu zararın karşılanmasını istedi. Yaşanan kriz nedeniyle Meclis’teki eczacı kökenli milletvekilleri devreye girdi. Eczacı milletvekilleri Çelik’e, ilaç firmalarının eczanelere iskontolu ilaç faturası kesmediği sürece bu zararın artacağına dikkat çektiler. Çelik de önümüzde günlerde ilaç sanayicileri ile bir araya geleceğini, gerekirse tarafları biri masada buluşturacağını söyledi.